La Secretaría de Ciencia, Técnica e Innovación del AUSMA tiene la responsabilidad de promover y facilitar los programas del Sistema Científico de la Universidad:
Programa de proyectos de investigación.
Programa de formación de Recursos Humanos.
Programa de Incentivos y de Capacitación a los Docentes Investigadores.
Programa de Becarios de Investigación.
La secretaría coordina las actividades de estos programas con la Secretaría de Investigación de la Facultad de Ciencias Agrarias y la Secretaría de Ciencia y Técnica de la Universidad Nacional del Comahue.
Con la reciente formalización de la Secretaría de Ciencia, Tecnología e Innovación se están ejecutando las tareas inherentes a proyectos internos y externos. Asimismo, se generan vínculos con otros organismos e instituciones vinculados, tales como REDFOR.ar y CIEFAP con el cual se avanzará en el fortalecimiento de líneas estratégicas para la provincia y la región.